Le CIEM est administré par un Conseil d'Administration composé de 10 à 21 membres élus parmi les membres d'entreprises inscrites au CIEM.
Le Conseil d'Administration détermine les orientations du CIEM et veille à leur application.
Le président du Conseil d'Administration représente le CIEM. Il nomme, en accord avec le Conseil d'Administration et en dehors de ses membres, le directeur du CIEM à qui il délègue les pouvoirs nécessaires à l'exercice de ses fonctions.
Les fonctions d'administrateurs sont assurées bénévolement.